自降甲组
南华首场甲组联赛对晨曦
2017年6月19日，经过南华董事会开会后，所有执委一致赞成自降甲组方案，南华足球部亦落实十年青训计划，暂时将体育大楼13楼足球部改建其他用途，将所有前任足主罗杰承和张广勇下属解约。一众南华主力球员包括陈伟豪、梁冠聪、梁诺恒、保赞、罗港威、陈肇麒及高美斯全数被解约，大部分球员已经转投其他港超球队。2017年9月，南华公布新任足球部青训主任林大辉起用大量U16至U18球员，加数名前港超及港甲球员，力图保住港甲一席位。2017年10月，订下5加5计划，希望用5年时间在甲组培养年青球员。到5年后年青球员成熟，再用5年时间争取重返港超。
南华以一班青年球员，并邀请两位年届40岁前港队成员郭裕洪及潘耀焯加盟迎战港甲，南华港甲首战以零比一不敌灏天晨曦，第二场以三比零取得港甲首场胜利。南华最终在港甲以十胜八和十二负只取得第十一名成绩。在2018–19年香港甲组联赛，南华以阵容不大变动下，以第八名完成联赛。
一批老将如蔡仲贤、李树烊、郭裕洪、杜瀚滔等球员离开，再提升杨宪乐等千禧后小将上一队，令球队真正年青化。亦签入两名日籍外援及两名有港超经验球员加盟，包括中场叶颂朗及前锋叶佳，今季希望争取甲组中游位置。因为2019冠状病毒病疫情影响今季甲组赛事腰斩，腰斩前南华在港甲以七胜三和三负第四名完成，季尾部分有潜质球员转投港超球会、包括中场黄皓隽。下一季香港甲组联赛尽量在2020年11月开始，视乎疫情进展。
2020-2021球季，主教练潘耀焯移民英国、主教练改为曾效力南华的龙门陈振宇担任。杨宪乐转会港超晋峰、李卓轩转会港超东方。加盟球员晋峰足球会中场梁创业。足球部主任林大辉先生季尾离任。
2021-2022球季，南华签入龙门陆平中、中坚何直轩，中场谢朗轩及雷杰名、前锋何诚渊加强实力。委任山度士及岑国培两位名宿任南华青年华教练。为了培训新一代南华精英，南华体育会许晋奎主席、卢润森副主席与山度士商议后，决定再次合作，山度士在未来五年会以领队身份带领南华青年军。中场谢朗轩季中转会流浪。
南华青年军教练团队，当中包括岑国培、锺健希、陆冠邦等多位本地名将，还有体能教练李浩贤、守门员教练甄坚强，配合各支青年军的主教练及助教共十三位教练，除此之外，南华甲组队起用车路士足球学校（香港）的新秀，香港U18代表队成员李乐谦已跟随球队操练。
2022-2023球季，足球部主委由卢健生先生接任，加盟球员包括前港超球员法国外援黑人中锋禾达，此子效力过冠忠南区，前港超晋峰足球会中场林富贵，港甲公民中场沙奴，禾达加盟令南华在港甲保持一定入球能力，代替另一位巴西归化外援连拿度位置。球队最终夺得甲组联赛殿军一席。
2023-2024球季，法国外援禾达离队，签入曾效力马来西亚超级联赛Kelantan球会的翼锋原健太，从永义转会的中锋朱志强，加上另一名日籍外援进攻中场田坂卓也回归，补充锋线阵容，同时加入多名具潜力青年军球员叶礼滔、黄浩翔、李承熹、卢轩正及邝天乐等，努力争取佳绩。球队最终夺得甲组联赛季军，及初级组足总杯亚军。
2024-2025年球季，2O24年8月24日开操：今届教练团包括，主教练：顾锦辉，助教何勉唐。法国前锋禾达回归。加盟华人球员包括：龙门蔡子涛，中坚陈静谦，左闸梁星耀，攻中廖亿诚。
2024年8月25日友赛乙组球会至尊足球会丶在主场加山球场二比0。入球球员外援中场威廉斯及中锋禾达。
南华上季取得自降七年来最佳成绩的一季，季后随即展开组军工作，第一签就是旧援将禾达，之后签下英籍青年球员威廉斯，随后又陆续公布廖亿诚、梁星耀、李颂、陈静谦及守门员蔡子涛等华将加盟，配合何直轩、丘仲轩、郭霆谦、何诚渊、萧柏霖、萧子朗、欧文洛及司敬熙等主力华将留效，华人班底比上季增强不少。
南华新一季球员名单﹕龙门叶骏桓、龙门蔡子涛、前锋何勉唐、后卫萧柏霖、李颂、前锋丘仲轩、攻击中场威廉斯(Trey Williams)、中锋禾达、攻击中场郭霆谦、前锋何诚渊、左闸萧子朗、李汶轩、中锋朱志强、中坚欧文洛、中坚陈静谦、防守中场伊藤纮平、右翼黄浩翔、左闸梁星耀、李承熹、卢轩正、叶礼滔、司敬熙、攻击中场廖亿诚、中坚何直轩。
2O25年6月初在斧山道运动场3比0胜深水埗，夺初级组足总杯冠军。
2025-2026球季，8月9日正式开操。会长洪祖杭、副主席许晋奎、副主席甄瑞棠，足球部主委卢健生及副主委梁贤峰等主持拜神切烧猪仪式。今季教练团名单，主教练：顾锦辉，助教：陈振宇，何勉唐，守门员教练：陈树明，丘建威担任U8、U10教练。三名外援禾达、伊藤纮平、黑田陆斗及其他主力球员留效，并加入新球员：守门员云天乐、防守中场温俊、翼卫胡键逸、翼锋李俊文及后卫李俊谚等增强实力。今季甲组一共14队竞逐，南华目标联赛前三名，并力争卫冕足总杯冠军。
2025年8月13日，南华宣布龙门叶骏桓、攻击中场梁星耀、中锋朱志强及李汶轩将离开。