主条目：奥运会丑闻和争议列表（英语：List of Olympic Games scandals and controversies）
主要事件
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随着奥林匹克运动会的发展，金钱和禁药逐渐成为了一种潜在的威胁。许多人认为商业化对于奥林匹克运动会的发展起着很大作用，但是也担心它由于金钱的影响而失去公正，使得奥运的比赛成为经济实力的较量。奥运会从一开始也为了避免受到金钱的影响，而不职业化，强调业余的原则。另外，服用禁药的问题也影响着奥运会。为了提高成绩，一些运动员服用禁药来达到目的，这是不被允许且违背运动精神的。
2014年8月4日，BBC节目《广角镜》播出《圣火下的交易》（Buying the Games），揭发2012年奥运会候选城市贿赂国际奥委会委员、而国际奥委会委员受贿的内幕。[8][9]节目播出后，国际奥委会主席雅克·罗格（Jacques Rogge）公开承诺，将针对该纪录片指控的2012年奥运会申办活动贿选事件，采取任何必要的措施调查。但是，奥运申办的公正性，无疑已经蒙上了阴影。
2022年北京冬季奥运会的高山滑雪雪道和雪橇竞赛区被规划建设在北京松山国家级自然保护区的核心区。该地区包括了丁香叶忍冬、山西杓兰等多种珍贵的生物物种，且其中许多无法迁地保护。中国的许多生物学专业人员和环保主义者声称，如果将此区域开发为奥运场馆，该地的珍稀物种和综合生态环境将受到毁灭性破坏。中国政府试图将这片区域移除出自然保护区的范畴，另选择一些缺乏珍贵物种资源的区域划定为保护区，[10]此外还在中国国内广泛地删除或限制传播所有要求严格遵守中国法律，保护松山国家级保护区的相关言论。所有这些举动都引发了部分媒体和中国的生物学相关人士的批评。[11][12][13]目前，国际奥委会尚未对这些指责作出任何解释。
而如果因为一些事件必须取消或改地点，国际奥委会可能需要在之后的同样赛事主办权直接给予当时受影响的主办城市作为补偿。
此外也发现2002年冬季奥林匹克运动会有过行贿行为，至2015年的FIFA、IAAF也相继卷入行贿丑闻，还有比赛造假、禁药丑闻等破坏比赛公平竞争问题，让奥运的永续发展增加变数。
禁药问题
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从1968年开始，几乎每届奥运都有和禁药有关的事件（除1980年，但可能存疑，因为没有全部都药检），被剥夺的奖牌（16面奖牌是之后获得清白或申诉成功才得以保留）大多和禁药有关，只有3面是比赛上不当行为（如：拒领奖牌，攻击或辱骂评审、裁判、其他参赛者，使用带有政治、歧视物品）或身分欺诈（如：谎报年龄或异装参赛）而造成。
至2018年，有52个国家或地区共查获200起以上违规，一共拔掉117面项目次的奖牌，其中俄罗斯就失去41项奖牌。
就项目而言，共20项目，前七严重的项目是田径、举重、马术、越野滑雪、角力、单车，其中马术部分大部分是对马匹的药检未过。
就用药种类而言，一共四十七种，其中16起违规是类固醇。其他违规或嫌疑如：
拒绝或逃避药检、企图窜改药检结果（共3起）
卷入BALCO丑闻（3起）
2012年更是起出16起案例是虽药检未使用禁药，但是“生物护照”异常。
2016年也因为国际奥委会针对俄罗斯的禁药丑闻并没有采纳世界反禁药组织的建议对俄罗斯其全体禁赛，而是交由各单项运动协会决定，引来不少争议，但俄罗斯对国际奥委会的决定表示“虽然严格但是客观”，最后从389人降为282人。
奖牌的变动
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奥运会从1912年以来至2016年12月8日褫夺或变动了120个项目的奖牌（1968年褫夺奖牌开始确定），一共41金36银43铜，大部分原因是因为使用禁药，其他如在赛事上的不当行为（2面）、欺骗比赛单位自身身分
被褫夺的奖牌大多会顺位递补，但个人赛奖牌9面（1金2银6铜）无递补，这些奖牌会送至国际奥委会保存。例如：1992年男子举重82.5公斤级铜牌，因为其获得者颁奖典礼途中蓄意丢弃奖牌后离去，未递补是因为违规不是比赛中发生。
最多的项目为举重（42面），失去最多奖牌的代表团为俄罗斯（31面）
褫夺的个人奖牌有16面恢复，一共6金4银6铜，为申诉成功或之后平反的结果。
多数情形下会在赛事当日后8～10年内追回（追溯期），超过这个时间者通常不追回，追回也是赛事当日后15年之内。
参见遭剥夺奥运会奖牌列表、各年奥林匹克运动会奖牌榜。
年龄限制
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由于为维护运动员的健康及其他因素考量，因此有些项目设定了年龄的限制（通常以当年的7月1日的年龄为准），但还是发生了以非真实年龄参赛的案例。
体操：16岁以上
田径（十项运动、10000公尺、竞走、女子投掷）：18岁以上
田径（马拉松、50公里竞走）：20岁以上
田径（其他项目）：16岁以上
男子足球：除3名超龄球员外，其他球员须于奥运举行前23年之1月1日或以后出生 (即未足24岁)，2020年奥运因受2019冠状病毒病影响延迟1年举行而修订为25岁以下赛事，使1997年出生之球员仍可出赛。
纳入赛车
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近年科技不断进步，在汽车发达的时代，与汽车有关的比赛“赛车”也不断增加，包括一级方程式、世界耐力锦标赛、世界拉力锦标赛、电动方程式、房车赛及摩托车赛等等赛车项目，同时赛车纳入奥运的呼声也不断出现，虽然国际奥委会从未同意，但是这样的呼声也不是无从根据。
1900年，法国巴黎同时举办奥运及世界博览会，历时6个月才完成，期间还共举办了15场双座、四座、7座、货车及消防车的各种赛事，但大多参赛者都是法国人，而且参赛代表也多是雷诺、宝狮及法国的其他小车厂，而且这15场赛事，奥委会从没承认或否认是否属于奥运会或世博会，加上因为时代久远，所以后人没再追究这段历史细节。
1936年，德国奥运在柏林举行，当时的纳粹政府元首希特勒为了宣扬国威，也同时举办“奥林匹亚拉力赛”，希望借此向世界显示德国车的实力，不过该赛事没被纳入奥委会的奥运项目中；这场拉力赛共2000公里，最后却被英国女车手Elizabeth Betty Haig驾驶英国车厂Singer Motor的Singer Nine夺冠（Betty Haig退出赛车后转职记者，为Motor Sport杂志撰文及报导比赛，也不断支持女性参与赛车，也促使1987年她逝世后，不少英国赛事都加入Betty Haig杯颁与最快的女性车手）
1972年，西德再度举办奥运，也再度举办奥林匹亚拉力赛，虽然还是不被奥委会纳入比赛项目，不过有被纳入世界拉力锦标赛（WRC）国际拉力赛事之中，该赛事起点为基尔（Kiel），终点为慕尼黑，共长677公里，有359部车参赛，大部分参赛者为德国人，而冠军则是驾驶雷诺Alpine A110的法国队代表让·托德(Jean Todt，曾于2009-2021任国际汽车联盟（FIA）主席）
让·托德进入FIA后，也对汽车运动作出很多贡献，也使FIA在2012年得到国际奥委会的认可，并加入为国际体育联会，FIA亦签署了“奥林匹克宪章”，遵守反兴奋剂标准及成立车手委员会，同时也令国际奥委会删除了“不可使用机械推进运动”条款，让赛车纳入奥运有了指望。
不过第一个问题是：2012年国际奥委会主席罗格（Jacques Rogge）表示：奥运与一级方程式赛车（Formula1）有许多相似之处，不过奥运的概念是“比赛是为了运动员的比赛，而不是为了装备”，因此虽然他们尊重赛车，但赛车不会被纳入奥运项目。
不过他也有说：单车、高尔夫球杆及网球拍，甚至是最高技术的泳衣设计，都有许多机械或设备在当中发挥作用，更不用说马术比赛中的马；但赛车打破不了“只是运动员对运动员”的概念。不过他提出的上述问题，是可以透由使用统一规格的赛车完成，而且现今的赛车种类中，也有这类型的赛车，以讲求更公平的车手及车手的相互竞赛。
另一个问题是：奥运会是面向更大的观众群，但至今对大部分而言，仍无法打破“赛车不是运动”的传统概念，而且很多人都认为赛车手是依赖赛车性能以及装备表现比赛，而不是赛车手的技能及体力，不过从Formula 1，到整个FIA，至今也没真正教育大众：一般开车及操驾高性能车的区别，也无法让民众体会到参加各种赛车时所需的健康体力及心理建设，让大众明白赛车是个非常严苛的一项运动：必须穿著赛车服忍受车内的高温、煞车及转弯时需要承受高达5G的G力，以及必须利用各种技巧来取胜。
再者，现行赛车样式（包含一级方程式、世界耐力锦标赛、世界拉力锦标赛及飘移赛）、都有属于该类的国际赛事，因此对于用哪种形式加入奥运，FIA也有取舍压力，更何况FIA属下的各种赛车运动，一向是由车厂作主导而非车手，与奥运的“去商业化”原则相违背，因此若要真的统一规格赛车，在招标车厂上也会出现难题，FIA也不能从中协调。
最后的问题是：现行的赛车运动，都以“车队加车手”作为参赛代表，而非国家代表，而且很多国家根本没有重视过赛车运动，而且也会发生“他国车厂是否可以大力支持其他国车手国家代表参加奥运”的问题，更别提其他没有赛车场或车手的国家。
不过以上四种问题，其实是有解决方案的，例如FIA曾举办过“赛车世界杯”之称的A1 Grand Prix，但只有从2005年举办至2009因为资金问题而结束，也使其无法对大众留下印象。因此赛车是否加入奥运，还是无法短期内完成。